Операція проводиться під загальною анестезією. Хірург виконує невеликий розріз біля пупка і наповнює черевну порожнину вуглекислим газом для кращої видимості. Через розріз вводиться лапароскоп — тонка трубка з відеокамерою, зображення виводиться на монітор під збільшенням. Ще 2–3 мікророзрізи для хірургічних інструментів.
На поверхні яєчника виконується точний розріз, кіста акуратно відокремлюється від здорової тканини. Вміст кісти дренується, капсула видаляється повністю. Хірург оглядає всю черевну порожнину — при виявленні вогнищ ендометріозу видаляє їх під час тієї ж процедури. Ложе кісти коагулюється.
Після перевірки на відсутність кровотечі газ видаляється, розрізи зашиваються розсмоктувальними швами. Видалений матеріал відправляється на гістологічне дослідження. Тривалість операції — 40–60 хвилин.